Caso idêntico aconteceu com a transferência da sede de outros bispados, por exemplo, no de Mondonhedo, cuja cidade actual se chamava Vallibria até a sede ser transferida de S. Martinho de Mondonhedo para aqui (1114-17). A trans­ferência da de Coimbra deve ter-se dado entre 580 e 589, porque no Concílio de Braga de 572 Lucêncio chancelou as actas como “Conimbrensis ecclesiae episcopus” e no Pa­roquial suevo, cuja redacção actual é de cerca de 580, Conimbriga é referida como sede da diocese e Aeminium como a prin­cipal das suas paróquias. Em 589, porém, Possidónio subscreveu as actas do III Con­cílio de Toledo já como “Eminiensis ecclesiae episcopu”.
No IV Concílio de Toledo (633), no II de Mérida (666) e em todos os poste­riores os bispos de Coimbra voltam a usar o nome de “Ecclesiae Conimbriensis”, tendo, no entanto, fixado a residência em Aeminium. Este facto mostra que Conimbriga era então o nome tradicional e bem arreigado da diocese, que, por isso mesmo, tinha de ser já antiga, talvez dos fins do século IV ou princípio do V. Em 715-716 a cidade e termo da antiga Aeminium, agora Colimbria, acei­taram sem combate a dominação árabe. Coimbra continuou a ser um centro relativa­mente importante, povoado de cristãos e de muçulmanos. Tudo indica que também se man­tivesse a diocese, mas o bispo mais antigo que se conhece do tempo da Reconquista é Nausto (867-912). As condições de vida na cidade e diocese deviam ser difíceis para os cristãos, mesmo depois da reconquista do conde Hermenegildo (878), porque Nausto residiu quase sempre nas dioceses de Braga e de Iria, falecendo nesta em 912. A cam­panha de Almançor (987) desorganizou a vida cristã nestas regiões, mas a diocese deve ter-se mantido, embora em condições precárias, porque em 1018 aparece o bispo Afonso com o título de Coimbra.

Depois da reconquista definitiva desta cidade, a 9 de
Julho de 1064, Fernando Magno nomeou governador ao moçárabe Sesnando. Este escolheu para bispo a D. Paterno, anterior­mente bispo de Tortosa, a quem se
deve a fundação ou, pelo menos, a reorganização do cabido e a criação da escola episcopal. Por esta altura, D. Sesnando, então alvasil de Coimbra, dava aos
Bispos, para sua habitação, o Forum Romano que, ampliado e embelezado pelos Prelados subsequentes, foi Paço Episcopal até 1911.

Servia de catedral de Coimbra uma igreja moçá­rabe dedicada a Nossa Senhora, que ainda existia cerca de 1140. Nesta altura (1140-1180), pela acção de D. Miguel Salomão, D. Afonso Henriques resolveu construir no mesmo local uma nova catedral (Sé Velha), o mais importante templo românico existente em Portugal. Em 1772 foi substituída pela Sé Nova, a antiga igreja do Colégio dos Jesuítas. Segundo o Provin­cial hispânico e o Paroquial suevo, a diocese de Coimbra estendia-se desde o Douro até ao Selium, um pouco ao norte de Tomar. A reconquista do Porto, em 868, tornou esta cidade no principal centro de colo­nização, cuja influência se estendeu para sul do Douro, numa zona litoral, que ficou, por isso, ligada à diocese portucalense. De­pois da reconquista de Coimbra, em 1064, esta zona, alargada a Viseu e Lamego, voltou a depender da jurisdição do Bispo de Coimbra, ficando esta diocese com os limites tradicio­nais, que Pascoal II lhe confirmou a 24 de Março de 1101. Tomando posse da diocese do Porto, em 1113, D. Hugo reivin­dicou para o seu bispado a zona compreendida entre o Douro e o Antuã, facto obtido de Pas­coal II pela bula Egregias quondam, de 15 de Agosto de 1115, com o apoio do arcebispo de Compostela, Diogo Gelmires. Teve, porém, de renunciar a este território, devido às reclamações do bispo de Coimbra, D. Gonçalo, mas a Terra de Santa Maria continuou a ser disputada pelas duas dio­ceses até o bispo do Porto, D. Julião Fer­nandes, obter de Inocêncio IV a incorpora­ção definitiva pela bula Provisionis nostrae, de 12 de Setembro de 1253. Os limites com a diocese de Idanha (Guarda) foram tam­bém objecto de litígio durante muito tempo. Em 1132 fundou-se em Coimbra o célebre Mosteiro de Santa Cruz, que se tornou feu­datário da Santa Sé, ficando isento do pre­lado diocesano. Este privilégio, sobretudo na parte referente ao território de
Leiria, deu origem a inumeráveis e contínuas discór­dias entre o Mosteiro e a Mitra, que os pontífices procuraram resolver por diversas bulas, sendo mais notável a Cum olim, dada por Inocêncio III a 26 de Março de 1203. Com a criação das dioceses de Leiria, a 22 de Maio de 1545, e de Aveiro, a 12 de Abril de 1774 (suprimida em 1881 e restaurada em 1938), Coimbra sofreu novas e importantes limitações no seu antigo território diocesano. Localizada na Lusitânia, Coimbra pertencia à metrópole de Mérida, mas com a sua incorporação no reino suevo passou para a metrópole de Braga, como o demonstram os dois primeiros concílios bracarenses (561 e 572), em que Lucêncio tomou parte, o Paroquial suevo e alguns exemplares do Provincial hispânico. Embora o reino suevo ter acabado em 585, Coimbra continuou a pertencer à metrópole bracarense até pouco depois de 650, em que passou para Mérida (v. Braga, metrópole de).
Incorporada no reino das Astúrias, em 878, a diocese de Coimbra voltou para a metrópole de Braga, cujo bispo residiu em Lugo até 1070. O arcebispo de Compostela, Diogo Gelmires, obteve de Calisto II, em 1120, as dioceses da antiga metrópole de Mérida, motivando Coimbra e os outros bispados portugueses do Sul do Douro a encetar uma longa contenda entre Braga e Compostela, a que Inocêncio III pôs termo em 1199, atribuindo definitivamente a Braga as dioceses de Coimbra e Viseu. A 5 de Agosto de 1394, D. João I autorizou apermuta que o bispo e cabido de Coimbra fizeram com Martim Vasques da Cunha dos lugares de Belmonte e seu termo e do couto de S. Romão pela vila de Arganil e seu termo, com os respectivos direitos, jurisdições, rendas e pertenças. Em 1472 D. Afonso V, para recompensar os serviços prestados pelo bispo de Coimbra, D. João Galvão, que o acompanhara na tomada de Arzila e Tânger, concedeu-lhe a ele e aos sucessores no bispado de Coimbra o título de conde de Arganil.

Actualmente, a Diocese de Coimbra, com uma população a rondar os 545.000 habitantes, estende-se por uma superfície de 5.300 Km2 compreendendo todo o distrito de Coimbra, à excepção da freguesia de S. Gião, de Oliveira do Hospital; o concelho da Mealhada, do distrito de Aveiro; o concelho de Mortágua, do distrito de Viseu; os concelhos de Alvaiázere, Ansião, Castanheira de Pêra, Figueiró dos Vinhos, Pedrógão Grande e parte do de Pombal, do distrito de Leiria; e o concelho de Ferreira do Zêzere, do distrito de Santarém. A diocese compreende 4 Regiões Pastorais, que englobam 25 Arciprestados, onde se distribuem 265 paróquias, 4 reitorias e 1 curato.